夫妻分居两年后离婚财产，可以由双方进行协议处理，协议不成的可以向法院提起诉讼，由法院根据实际情况进行判决。

《中华人民共和国民法典》

第一千零八十七条 【离婚时夫妻共同财产的处理】离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理;协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。

对夫或者妻在家庭土地承包经营中享有的权益等，应当依法予以保护。

二、夫妻分居两年可以自动离婚吗

夫妻分居两年不可以自动离婚，我国没有这样的规定。根据我国《民法典》关于离婚的规定，离婚的方式包括：到民政局办理的离婚登记和到人民法院办理的离婚诉讼两种，没有其他方式，其中到民政局办理离婚登记，必须满足双方自愿离婚、对子女和财产问题已有适当处理等条件，否则，只能通过离婚诉讼来解决。

三、分居离婚需要什么证据

分居离婚需要的证据如下：

1.一方在外面租房的租赁合同;

2.亲朋好友、邻居的证人证言;

3.夫妻双方签订的书面协议;

4.双方的微信聊天记录，可以作为电子数据使用。

根据《民事诉讼法》第六十三条的规定，证据包括：

(一)当事人的陈述;

(二)书证;

(三)物证;

(四)视听材料;

(五)电子数据;

(六)证人证言;

(七)鉴定意见;

(八)勘验笔录。

证据必须查证属实，才能作为认定事实的根据。